Setiap harinya, umat manusia menghadapi ancaman yang sangat berbahaya oleh para monster yang biasa disebut dengan Kaijuu. Cerita pun berpusat kepada Kafka Hibino, seorang remaja yang bercita-cita untuk bergabung dengan JSDF atau Angkatan Pertahanan Jepang.
Sayangnya, ia justru menyerah terhadap mimpi tersebut dan bergabung dengan perusahaan yang Membersihkan para Kaijuu. Dalam melaksanakan tugas tersebut, ia bertemu dengan teman masa kecilnya Bernama Mina Ashiro yang saat ini menjadi komandan di Unik 3. Awalnya, ia merasa canggung namun setelah pertemuan dengan juniornya, Reno Ichikawa yang juga memiliki impian untuk bergabung dengan JSDF, Kafka pun mencoba untuk menambah pengalamannya.