Di masa depan nanti, e-Pulse kini mampu membentuk pikirin serta emosi manusia dan digunakan sebagai energi untuk AI bernama Sapotama. Namun, pengembangan AI tersebut tidak lepas dari monster yang memakan e-Pulse.

Cerita pun berpusat kepada Tomoro Tenma yang memiliki sebuah kekuatan unik yaitu ia mampu merusak Sapotama seseorang hanya dengan menyentuhnya.  Suatu hari, ia bertemu dengan Gekkomon dan diminta untuk mengikutinya ke suatu tempat.

Sesampainya di sana, ia mendapati kakaknya yang tengah bertarung dengan monster. Sayangnya, sang kakak harus mengorbankan diri untuk menyelamatkan Tenma. Kini, kehidupan Tenma telah berubah setelah pertemuannya dengan Gekkomon.